L'esposizione archeologica è strutturata su due piani, attraverso un percorso sia cronologico che topografico (per centri di provenienza dei reperti). La ricchezza del Museo, che il direttore Venturino Panebianco definì il maggiore istituto storico topografico della Provincia", testimonia il ruolo dl crocevia svolto dal territorio della provincia di Salerno fin dall'antichità.
Il nuovo allestimento, che viene proposto con la riapertura del complesso nel febbraio 2013, è contrassegnato da un percorso espositivo ancora più ampio e potenziato dall'utilizzo delle moderne tecnologie e delle tecniche di comunicazione museale.
Tre installazioni multimediali ricostruiscono l'insediamento di Frane (in foto) e le antiche rotte del Mediterraneo e ripropongono l'atmosfera del ritrovamento della celebre testa di Apollo, rinvenuta nelle acque del golfo di Salerno nel dicembre del 1930.
Nel giardino antistante il Museo è allestito un interessante lapidario con reperti di epoca romana. in particolare statue, rilievi figurati e basi onorarie. Si segnala la statua acefala in marmo, copia romana di un originale ellenistico di II sec. A.C. che riproduce la Venere con delfino.
Nella sezione dedicata a Fratte sono esposti i reperti provenienti dall'omonimo sito etrusco-sannita (VI-III sec. a.C.), importante insediamento anteriore alla Salernum romana e situato alla periferia settentrionale dell'attuale città. Il percorso, che illustra la storia del sito anche alla luce delle recenti indagini archeologiche condotte dall'Università degli studi di Salerno, è strutturato secondo due nuclei tematici, ovvero l'abitato e le necropoli, e un focus sul mito di Eracle.